COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 3.610440 3.610440 4.751614
2021-06-04 17:00:00 2.627199 4.844236 4.804598
2021-06-03 17:00:00 5.518015 5.518015 4.881661
2021-06-02 17:00:00 4.396055 4.396055 4.928078
2021-06-01 17:00:00 3.974708 3.974708 4.950302
2021-05-31 17:00:00 6.024495 6.024495 5.084562
2021-05-30 17:00:00 5.381092 5.381092 5.180939

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 3.615448 3.615448 4.082490
2021-06-04 17:00:00 4.261364 4.261364 4.095703
2021-06-03 17:00:00 3.448276 4.264494 4.161438
2021-06-02 17:00:00 6.008969 6.008969 4.276881
2021-06-01 17:00:00 2.958580 2.958580 4.246857
2021-05-31 17:00:00 4.658385 1.420455 4.312854
2021-05-30 17:00:00 5.263158 5.263158 4.430459

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 9.011628 9.011628 7.823577
2021-06-04 17:00:00 14.912281 14.912281 8.305884
2021-06-03 17:00:00 4.225352 0.874636 8.640360
2021-06-02 17:00:00 10.054348 10.054348 9.068085
2021-06-01 17:00:00 6.382979 6.382979 9.346421
2021-05-31 17:00:00 8.219178 1.744186 9.738046
2021-05-30 17:00:00 7.949791 7.949791 10.080731

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 3.282937 3.282937 5.687328
2021-06-04 17:00:00 6.570117 6.570117 5.631284
2021-06-03 17:00:00 11.529933 11.529933 5.705583
2021-06-02 17:00:00 5.307356 5.307356 5.756687
2021-06-01 17:00:00 4.335091 4.335091 5.663101
2021-05-31 17:00:00 4.726368 4.726368 5.518091
2021-05-30 17:00:00 7.037975 7.037975 5.516371

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 3.502567 3.502567 4.607570
2021-06-04 17:00:00 5.032713 5.032713 4.741627
2021-06-03 17:00:00 5.112570 5.112570 4.840021
2021-06-02 17:00:00 5.206656 5.206656 4.912800
2021-06-01 17:00:00 5.278716 5.278716 4.985151
2021-05-31 17:00:00 9.299280 3.868683 5.026815
2021-05-30 17:00:00 5.404267 5.404267 5.145247

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 7.448583 7.448583 9.397672
2021-06-04 17:00:00 9.351621 9.351621 9.640231
2021-06-03 17:00:00 24.116424 12.950042 9.920945
2021-06-02 17:00:00 6.219313 6.219313 9.980131
2021-06-01 17:00:00 5.535437 5.535437 9.930861
2021-05-31 17:00:00 18.359375 18.359375 10.431926
2021-05-30 17:00:00 11.156782 11.156782 10.720868

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 3.231764 3.231764 1.934354
2021-06-04 17:00:00 1.821731 1.821731 1.883677
2021-06-03 17:00:00 1.207243 0.432744 1.890632
2021-06-02 17:00:00 2.266839 2.266839 1.885756
2021-06-01 17:00:00 1.408451 1.408451 1.904115
2021-05-31 17:00:00 1.709402 0.573888 1.934781
2021-05-30 17:00:00 2.784603 2.784603 1.963275

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 2.530120 2.530120 3.081960
2021-06-04 17:00:00 2.687219 2.687219 3.115454
2021-06-03 17:00:00 3.680751 3.680751 3.187113
2021-06-02 17:00:00 2.490851 2.490851 3.180680
2021-06-01 17:00:00 2.136518 2.136518 3.156046
2021-05-31 17:00:00 6.432599 6.432599 3.227250
2021-05-30 17:00:00 4.256622 4.256622 3.280696

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 1.582932 1.582932 2.275011
2021-06-04 17:00:00 1.224740 1.224740 2.425662
2021-06-03 17:00:00 2.164502 2.164502 2.510740
2021-06-02 17:00:00 2.871729 2.871729 2.654421
2021-06-01 17:00:00 1.314879 1.314879 2.722916
2021-05-31 17:00:00 4.071970 4.071970 2.815836
2021-05-30 17:00:00 2.928571 2.928571 2.891007

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 3.294047 3.294047 3.134255
2021-06-04 17:00:00 3.316631 3.316631 3.233656
2021-06-03 17:00:00 3.969619 2.146538 3.369808
2021-06-02 17:00:00 3.843875 3.843875 3.500818
2021-06-01 17:00:00 3.746140 3.746140 3.605362
2021-05-31 17:00:00 2.346250 1.049869 3.611881
2021-05-30 17:00:00 3.772652 3.772652 3.749748

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 6.068111 6.068111 5.036404
2021-06-04 17:00:00 6.120690 6.120690 5.085347
2021-06-03 17:00:00 8.333333 2.315581 5.288493
2021-06-02 17:00:00 7.467145 7.467145 5.413856
2021-06-01 17:00:00 3.297769 3.297769 5.490571
2021-05-31 17:00:00 11.086475 3.320053 5.473278
2021-05-30 17:00:00 5.339486 5.339486 5.533251

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 0.714286 0.714286 0.939141
2021-06-04 17:00:00 0.000000 0.000000 0.989418
2021-06-03 17:00:00 1.694915 1.694915 0.992570
2021-06-02 17:00:00 1.071429 1.071429 1.067705
2021-06-01 17:00:00 1.626016 1.626016 1.055324
2021-05-31 17:00:00 0.000000 0.000000 1.059634
2021-05-30 17:00:00 1.419878 1.419878 1.070520

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 4.970760 4.970760 4.411238
2021-06-04 17:00:00 2.193784 2.193784 4.630463
2021-06-03 17:00:00 7.909605 7.909605 4.983349
2021-06-02 17:00:00 4.485488 4.485488 5.315332
2021-06-01 17:00:00 1.995012 1.995012 5.477950
2021-05-31 17:00:00 3.666667 3.666667 5.669937
2021-05-30 17:00:00 8.450704 8.450704 5.956113

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 2.805611 2.805611 2.891829
2021-06-04 17:00:00 2.372479 2.372479 3.029989
2021-06-03 17:00:00 7.539683 2.290536 3.194536
2021-06-02 17:00:00 3.202847 3.202847 3.332797
2021-06-01 17:00:00 4.870624 4.870624 3.416208
2021-05-31 17:00:00 6.849315 1.225490 3.456413
2021-05-30 17:00:00 4.204204 4.204204 3.665047

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 3.850071 3.850071 3.981088
2021-06-04 17:00:00 4.023594 4.023594 4.029065
2021-06-03 17:00:00 8.308042 4.457108 4.127017
2021-06-02 17:00:00 3.800000 3.800000 4.268318
2021-06-01 17:00:00 4.249695 4.249695 4.388293
2021-05-31 17:00:00 5.287453 2.566714 4.355896
2021-05-30 17:00:00 6.535764 6.535764 4.495603

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 7.453704 7.453704 8.873066
2021-06-04 17:00:00 6.220248 6.220248 9.127088
2021-06-03 17:00:00 3.528468 3.528468 9.740943
2021-06-02 17:00:00 18.955513 18.955513 10.047819
2021-06-01 17:00:00 7.816804 7.816804 10.519511
2021-05-31 17:00:00 10.357403 10.357403 10.794616
2021-05-30 17:00:00 19.230769 19.230769 11.411405

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 1.680672 1.680672 2.231738
2021-06-04 17:00:00 4.297225 4.297225 2.250607
2021-06-03 17:00:00 4.634831 1.890034 2.201778
2021-06-02 17:00:00 2.309469 2.309469 2.180082
2021-06-01 17:00:00 1.860465 1.860465 2.141904
2021-05-31 17:00:00 2.253521 2.253521 2.136899
2021-05-30 17:00:00 3.397508 3.397508 2.098714

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 4.041451 4.041451 5.860318
2021-06-04 17:00:00 5.820380 5.820380 5.958729
2021-06-03 17:00:00 6.150121 6.150121 6.060056
2021-06-02 17:00:00 5.888346 5.888346 6.072130
2021-06-01 17:00:00 5.802777 5.802777 6.088337
2021-05-31 17:00:00 6.510220 6.510220 6.183419
2021-05-30 17:00:00 8.149883 8.149883 6.284429

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 2.558565 2.558565 2.846908
2021-06-04 17:00:00 2.197984 2.197984 2.963443
2021-06-03 17:00:00 5.090312 3.082022 3.090686
2021-06-02 17:00:00 2.801799 2.801799 3.201976
2021-06-01 17:00:00 3.112155 3.112155 3.277440
2021-05-31 17:00:00 5.666924 2.429351 3.366569
2021-05-30 17:00:00 4.166007 4.166007 3.540310

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 3.769841 6.834532 4.632356
2021-06-04 17:00:00 6.590909 6.590909 4.975470
2021-06-03 17:00:00 7.792208 1.009251 4.984339
2021-06-02 17:00:00 5.631399 5.631399 5.043528
2021-06-01 17:00:00 2.541106 2.541106 5.235475
2021-05-31 17:00:00 3.636364 0.995025 5.179338
2021-05-30 17:00:00 11.977186 11.977186 5.287623

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 3.246753 3.246753 6.378100
2021-06-04 17:00:00 4.854369 4.854369 6.377848
2021-06-03 17:00:00 3.571429 3.571429 6.589582
2021-06-02 17:00:00 6.779661 6.779661 6.784979
2021-06-01 17:00:00 5.797101 5.797101 7.316449
2021-05-31 17:00:00 38.461538 38.461538 7.295134
2021-05-30 17:00:00 11.188811 11.188811 7.472641

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-05 17:00:00 5.925251 5.925251 5.670470
2021-06-04 17:00:00 0.315861 5.515041 5.859239
2021-06-03 17:00:00 4.941176 4.941176 6.125868
2021-06-02 17:00:00 5.050505 5.050505 6.435088
2021-06-01 17:00:00 5.541035 5.541035 6.567034
2021-05-31 17:00:00 4.803843 4.803843 6.837959
2021-05-30 17:00:00 7.132668 7.132668 7.024022

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.615448 3.615448 4.082490
Basilicata 9.011628 9.011628 7.823577
Calabria 3.282937 3.282937 5.687328
Campania 3.502567 3.502567 4.607570
Emilia-Romagna 7.448583 7.448583 9.397672
Friuli Venezia Giulia 3.231764 3.231764 1.934354
Lazio 2.530120 2.530120 3.081960
Liguria 1.582932 1.582932 2.275011
Lombardia 3.294047 3.294047 3.134255
Marche 6.068111 6.068111 5.036404
Molise 0.714286 0.714286 0.939141
P.A. Bolzano 4.970760 4.970760 4.411238
P.A. Trento 2.805611 2.805611 2.891829
Piemonte 3.850071 3.850071 3.981088
Puglia 7.453704 7.453704 8.873066
Sardegna 1.680672 1.680672 2.231738
Sicilia 4.041451 4.041451 5.860318
Toscana 2.558565 2.558565 2.846908
Umbria 3.769841 6.834532 4.632356
Valle d'Aosta 3.246753 3.246753 6.378100
Veneto 5.925251 5.925251 5.670470

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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